Ce jeu de stratégie au tour par tour place les joueurs aux commandes du vaisseau spatial Space Beagle, chargés de reprendre le contrôle de la galaxie des griffes du maléfique empereur Kaldor Seth et de son armée d'alliés interstellaires. En combattant à travers cinq systèmes stellaires, le Beagle et son équipage rencontreront de nouvelles races, des vaisseaux spatiaux avancés et d'immenses planètes alors qu'ils se dirigent vers un affrontement final avec Kaldor Seth. En chemin, ils découvriront de nouvelles armes et des technologies avancées, leur permettant d'améliorer le Beagle et d'affronter des ennemis terrifiants dans des combats tactiques épiques. Ils entreront également en contact avec une mystérieuse race d'extraterrestres, créateurs d'une technologie qui pourrait les aider à vaincre Seth une bonne fois pour toutes…