Á fallegu eyjunni Tropico rignir aldrei; El Presidente krefst þess. Svo þegar skýin koma og rigningin byrjar, veistu að eitthvað er á leiðinni. Sögusagnir herma að hópur borgara hafi sameinast til að mynda dularfullan sektarhóp og hafi lagt álög á Tropico. Ný yfirnáttúruleg vald er að reyna að ná völdum og þú, sem El Presidente, þarft guðdómlega aðstoð til að brjóta álögin. Komdu inn, Inquisition. Færðu sérstakar þjónustur Inquisition til Tropico og haltu þeim í góðu skapi með því að byggja þeim nýtt höfuðstöðvar frá þar sem þeir geta leyst upp sektarhópinn og þeirra yfirnáttúrulegu misgerðir. En leyfðu þeim ekki of mikla völd. Passaðu þig á að minna þá á að aðeins þú, El Presidente, sért eini sanni stjórnandinn í Tropico. Aðeins með þinni varkárni geturðu tryggt að Tropico snúi aftur í eyjunnar paradís eins og hún var áður.