NARUTO: Ultimate Ninja STORM ให้ผู้เล่นได้ต่อสู้ในโลก 3D เต็มรูปแบบในสภาพแวดล้อมขนาดใหญ่ ผู้เล่นจะสามารถปล่อยจุตสึที่ทรงพลัง ทำท่าหลบหลีกแบบแอคโครแบติก และแม้กระทั่งวิ่งขึ้นกำแพงและข้ามน้ำขณะไล่ตามคู่ต่อสู้เพื่อความเป็นสุดยอดนินจา ผู้เล่นสามารถปรับแต่งสไตล์การต่อสู้ของตัวละครและเลือกตัวละครสนับสนุนได้สูงสุด 2 ตัวเพื่อสร้างเอกลักษณ์ในเกม NARUTO: Ultimate Ninja STORM ได้รับการปรับปรุงใหม่ในระดับ HD.